ФГБУ «ГОИН» имеет лицензии:
- Лицензия на осуществление деятельности в области гидрометеорологии и в смежных с ней областях, выдана Федеральной службой России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды 22 января 2010 г. Рег. номер Р / 2009/ 1623 / 100 / Л, действительна до 22 января 2015 г.
- Лицензия на осуществление картографической деятельности, выдана Федеральным агентством геодезии и картографии Министерства транспорта РФ 24 апреля 2007 г., Рег.номер РК-10630К,  действительна до 24 апреля 2012 г.
- Лицензия на осуществление геодезической деятельности, выдана Федеральной службой государственной регистрации, кадастра и картографии 25 февраля 2010 г., Рег.номер МОГ-07420Г,  действительна до 25 февраля 2015 г.
- Свидетельство о допуске к определенному виду или видам работ, которые оказывают влияние на безопасность объектов капитального строительства, выдано НП содействия развитию инженерно-изыскательской отрасли «Ассоциация Инженерные изыскания в строительстве» («АИИС») от 27 декабря 2011 г., №01-И-№0363-2, рег. номер АИИС И-01-0363-2-27122011, без ограничения срока и территории его действия.
- Аттестат аккредитации аналитической Лаборатории гидрохимии морских и поверхностных вод и Лаборатории прикладной гидрохимии и аналитической химии №001005, выдан Федеральным агентством по техническому регулированию и метрологии 21 августа 2007 г., номер в Государственном реестре №РОСС RU.0001.514801, действителен до 02 июля 2012 г.
- Лицензия на ведение образовательной деятельности (аспирантуры) - бессрочная, № ААА 001960, рег. № 1874 от 29 сентября 2011 г., выдана Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки Министерства образования и науки Российской Федерации, по специальностям: 
25.00.28 океанология,
25.00.29 физика атмосферы и гидросферы,
25.00.36 геоэкология.
- Лицензия ФСБ на осуществление работ, связанных с использованием сведений, составляющих государственную тайну,  ГТ №.0036967 от 30.08.3011, рег.номер 19976, срок действия – до 30.08.2016 г.