В 2007г. ГОИН продолжал участвовать в международном сотрудничестве с причерноморскими странами с целью создания региональной системы мониторинга морской среды в рамках  Бухарестской (1992г.) Конвенции по защите Черного моря от загрязнения. Финансирование работ осуществлялось через программы Европейской Комиссии и Глобального экологического фонда (GEF) ООН.
В ходе этой деятельности в течение 2007г. сотрудники ГОИН принимали   участие
- в 3 заседаниях Рабочих Групп Черноморской Комиссии, являющейся управляющей структурой Бухарестской Конвенции;
- в подготовке международной монографии (под эгидой Черноморской Комиссии) с обзором состояния и загрязнения Черного моря за последние 15 лет;
- в решении методических вопросов организации программы международного мониторинга загрязнения Черного моря, включая химический анализ вод, донных отложений, плавучего мусора и т.д.
В 2007 г. завершены работы по изготовлению технических средств для обеспечения стандартов отбора и обработки биологических проб (мезозоопланктона) на Черном море, что необходимо для организации эффективной международной программы мониторинга состояния планктонных сообществ Черного. Работы выполнялись при финансировании Секретариата Черноморской Комиссии и Проекта ГЭФ по восстановлению экосистемы Черного моря (BSERP-GEF).
В 2007 г. выполнены работы по отбору проб и обработке полевого материала в рамках Контракта SCS-02/2006 «Пилотный мониторинг» между BSERP-GEF (г. Стамбул) и ГОИН.  Целью этого контракта, в работах по которому приняли участие также ЮО ИОРАН, СЦГМС ЧАМ, явилось создание комплексной программы мониторинга Черного моря, включающего гидрохимические, гидробиологические параметры и  загрязнение морской среды. Была составлена схема отбора и обработки проб на химические загрязняющие вещества и биологические параметры пелагических и бентосных сообществ, проведены экспедиционные работы.